水陸両用車を日本国内で運用する為には、安全に陸上走行並びに水上運行できる事を証明し、国土交通省の許認可を受けなければなりません。
その上で、陸上(つまり、一般車道)を走行する為には、該当車両及び運行形態に即した運転免許が必要となります。さらに、水上で運航するには、該当車両及び運航に即した船舶免許が必要とされます。

例えば、水陸両用バスの場合、

1. 大型、または中型自動車運転免許
2. 2級以上の小型船舶免許

が必要となります。

さらに、上記を満たした上でツアーなど事業として運航する為には、上記自動車運転免許は第2種である必要があり、船舶免許も"特定"である事が必須です。
また運行・運航するコース毎に安全規定や事業計画書などを作成しルートなどの許認可を受ける必要があります。